La influencia del Padre Varela en el pensamiento cubano de su época es inmensa y fundamental. Influyó en la formación de una generación muy importante de cubanos desde su Cátedra en el Seminario de San Carlos, a la que aclaró conceptos fundamentales como el de la patria, y los derechos individuales y colectivos; además de contribuir a que se ampliara el diapasón intelectual de los jóvenes cubanos, con la introducción de nuevas ideas en metodología docente, inició la enseñanza de la Física Experimental y la sustitución de la docencia escolástica por una donde la práctica sería parte fundamental del proceso educativo.